I visse tilfeller vil moren danne motstoffer (antistoff) mot visse faktorer (antigener) som fosteret har arvet fra faren. Disse motstoffene (antistoffene) kan deretter passere tilbake til fosterets sirkulasjon via morkaken, og derved medføre sykdom hos fosteret. Det er i første rekke de røde blodlegemene og blodplatene som er "uforlikelige", og som affiseres hos fosteret.

Vanligst er Rhesus-immunisering. Mor er rhesus negativ, fosteret Rhesus-positivt som far. Mor danner antistoff mot antigen på fosterets røde blodlegemer. Antistoff passerer over morkaken, og fester seg på fosterets røde blodlegemer som derved ødelegges. Dette forårsaker såkalt "hemolytisk sykdom hos nyfødte", og kan gi alle grader av anemi (blodfattighet) hos fosteret - fra de lette til alvorlige tilstander som er uforenlig med liv.

Ikke alle RH-negative danner antistoff på denne måten - opp til 30% er såkalte "non-responders". Dette er derfor slett ikke et problem som alle Rhesus-negative som er gravide, vil møte, men kun noen ganske få. Fosteret kan også være Rhesus-negativt, selv om far er Rhesus-positiv, og da er det vanligvis heller ikke noe problem.
15% av befolkningen er RH-negative.

Alle gravide testes på forekomst av irregulære blodtypeantistoff ved første gangs svangerskapskontroll. Er du Rhesus-negativ, taes det rutinemessig en kontrollprøve i uke 32 og 36. Dette er papirer du tar med til fødeavdelingen. Påvises det antistoff, vil det som regel være nødvendig å gjenta blodprøven flere ganger i svangerskapet for å måle antistoffmengden, eller antistofftitret som det kalles. Imidlertid gir titermålingene alene ikke god nok informasjon om tilstanden hos fosteret. Det er nødvendig med spesialoppfølging av personell med spesialkompetanse på dette området, der man har muligheter for fostervannsprøver med bestemmelse av Rhesus-faktoren hos fosteret, graden av anemi, og i sjeldne tilfelle bodoverføringer til fosteret. Det presiseres at dette er svært sjeldent, men at moderne medisin er kommet langt i å behandle denne tilstanden.

Problemene rundt Rhesus-immunisering forverres for hver graviditet, og for våre mødre og bestemødre var dette en viktig årsak til gjentatte aborter og dødfødsler. Fra på slutten an 60-tallet har imidlertid alle Rhesus-negative kvinner fått forebyggende medisin mot Rhesus-immunisering etter fødsler og aborter/Rhesus immunglobulin).

Mye sjeldrene enn Rhesus-immunisering er såkalt "alloimmun trombocytopeni" som er en analog til hemolytisk sykdom hos nyfødte, men ved denne tilstanden er det blodplatene som affiseres. Blodplatene er viktig for hemostasemekanismen, dvs.blodets evne til å klumpe seg sammen og stanse bøldning. Sykdommen skyldes uforlikelighet mellom blodplateantigener hos mor og foster. Følgene hos fosteret kan være blødninger. Det kan til forskjell fra Rhesus-immunisering opptre allerede i 1. svangerskap. Per i dag finnes det ikke noe screeningprogram for dette, bortsett fra helseregion V der man kjører et prosjekt på nettopp dette (Finnmark og Troms).